Считается, что структура ионизатор воды принцип работы близка к такой структурированной воде, которая содержит клетки и ткани здорового организма, поэтому она принимается как своя и может моментально включаться во все процессы.
На самом деле структурированная вода отличается от ионизированной показателем pH и окислительно-восстановительным потенциалом, в зависимости от устройства ионизации воды и используемых материалов. Структурирование — это изменения структуры молекул воды (сокращение длины молекульной цепочки, изменения расположения молекул), а ионизация — это процесс, в котором атом или молекула отдает или забирает электрон у другого атома или молекулы.
Вопрос о структуре воды до сих пор является одним из самых спорных в среде специалистов. Например, большинство традиционных ученых не принимает и называет псевдонаучным открытие японского исследователя Масару Эмото о том, что на структуру воды влияет окружающая среда. Масару Эмото с микроскопическими фотографиями утверждал, что в природе молекулы воды располагаются в симметричной форме, которая напоминает снежинки. Такая структурированная вода находится в источниках, клетках растений, таким является растаявший снег и лед. Однако энергия негативных эмоций, режущие звуки и химические вещества нарушают орнамент молекул и превращают все в хаос. Вода из-под крана также считается энергетически загрязненной, потому что она собирает негативную информацию и энергию окружающей среды. Согласно теории Эмото, кристаллическую решетку может восстановить классическая музыка, молитвы, сказанные с любовью слова.
Вторым неясным вопросом, связанным со структурой, являются водные кластеры — комбинации молекул разной величины и строения, которые до сих пор остаются нерешенным химическим заданием. Вопреки тому, что межмолекулярное взаимодействие между молекулами воды в кластерах является очень слабым, они не могут разрушиться ни в механическом пути, ни в процессе варки.
В живой воде, например в дождевой или талой, замечено минимальное количество кластеров и несвязанных между собой молекул. Такая вода нужна организму, потому что большие кластеры из-за своего размера не могут пробраться сквозь мембраны клеток — организм вынужден растрачивать свою энергию, чтобы структурировать воду, однако с годами эти способности сокращаются.